Zasób archiwalny Centralnego Muzeum Jeńców Wojennych tworzą dokumenty dotyczące jeńców wojennych (głównie polskich), przetrzymywanych w latach II wojny światowej w obozach jenieckich na terenie III Rzeszy, a także w ZSRR i obozach dla internowanych na terytorium Litwy, Łotwy, Węgier, Rumunii, Szwecji i Szwajcarii. Na imponujące muzealne archiwum składa się ok. 20 tys. jednostek archiwalnych, czyli aż 55 metrów bieżących akt.

Zasób archiwalny muzeum stanowią:

  • trzy zespoły archiwalne – Wehrmachtauskunftstelle für Kriegerverluste und Kriegsgefangene (Biuro Informacyjne Wehrmachtu ds. Strat Wojennych i Jeńców Wojennych), Deutches Rotes Kreuz. Präsidium (Niemiecki Czerwony Krzyż. Prezydium) i Środowisko Podchorążych byłych Jeńców Wojennych,
  • pięć zbiorów zamkniętych: Środowisko byłych Jeńców Wojennych Obozu Dössel (Klub Dösselczyków), Zbiór Józefa Kobylańskiego, Akta Mirosława Zawodnego, Zbiór Edwarda Wolskiego, Zbiór Henryka Tomiczka,
  • trzy zbiory otwarte: Materiały i Dokumenty, Relacje i Wspomnienia, Kopie akt z polskich i zagranicznych archiwów,
  • mikrofilmy z dokumentacją z archiwów państwowych w Moskwie, Pradze i Freiburgu,
  • cenna fototeka oraz wideo- i fonoteka, a także zbiór kartograficzny.

Gromadzeniem, przechowywaniem, konserwacją, opracowaniem i udostępnianiem materiałów archiwalnych zajmuje się dział Archiwum z siedzibą w Opolu. Dział ten realizuje również kwerendy archiwalne: na prośbę byłych jeńców i ich rodzin wydaje zaświadczenia potwierdzające pobyt w niewoli; prowadzi również poszukiwania naukowe na zlecenie. Koszty kwerend naukowych, a także kopii dokumentów archiwalnych są określone w cenniku specjalistycznych usług archiwalnych.

Z zasobu archiwalnego można korzystać po złożeniu pisemnego wniosku i uzyskaniu zgody Dyrektora muzeum. Pracownia naukowa znajduje się w siedzibie muzeum w Opolu. Jest czynna od poniedziałku do piątku w godz. 8.00–15.00.